Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących na terenie kraju lub innych państw członkowskich Unii Europejskiej rzadkich, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie przepisów umów międzynarodowych, których Rzeczpospolita Polska jest stroną, gatunków roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk i ostoi, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej. W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.

Gatunki chronione
Aktualne listy gatunków chronionych, jak również obowiązujące zakazy w stosunku do tych gatunków, określają następujące rozporządzenia:

• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 6 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt
• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin
• rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej grzybów

Programy ochrony gatunków zagrożonych wyginięciem
Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska opracowuje programy ochrony zagrożonych wyginięciem gatunków roślin, zwierząt i grzybów (zgodnie z art. 57 ustawy o ochronie przyrody). Stanowią one dogłębną analizę stanu populacji danego gatunku, identyfikację zagrożeń, zawierają także ocenę dotychczasowych sposobów ochrony. Więcej informacji o programach ochrony gatunków

Formularze wniosków o wydanie zezwolenia Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Bydgoszczy na odstępstwo od zakazów w stosunku do gatunków chronionych:

• Zezwolenie na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną
• Zezwolenie na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną - prace remontowe na budynkach
• Zezwolenie na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną - odstrzał osobników
• Zezwolenie na odstępstwa od zakazów w stosunku do gatunków dziko występujących roślin i grzybów objętych ochroną

Zgłoszenie przypadkowego schwytania, zabicia lub znalezienia martwego lub rannego osobnika gatunku chronionego

• formularz zgłoszenia przypadku schwytania, zabicia lub znalezienia martwego lub rannego osobnika należącego do gatunków chronionych

Wytyczne w zakresie ochrony gatunkowej

• Informacje w zakresie stosowania przepisów dot. ochrony gatunkowej roślin, zwierząt i grzybów w ramach realizacji przedsięwzięć współfinansowanych przez Unię Europejską
• Opinia Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska na temat właściwej metody oraz terminu inwentaryzacji pachnicy dębowej w alejach przydrożnych
• Wytyczne Komisji Europejskiej w sprawie ścisłej ochrony gatunków zwierząt ważnych dla Wspólnoty na mocy Dyrektywy siedliskowej 92/43/EWG (wersja polska)

Opracowania zlecone przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska w zakresie ochrony gatunkowej:

• Aktualizacja listy gatunków grzybów objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki grzybów
• Aktualizacja listy gatunków zwierząt objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki zwierząt
• Aktualizacja listy gatunków roślin objętych ochroną gatunkową oraz wskazania dla ich ochrony
  ZAŁĄCZNIK: Analiza spełnienia kryteriów kwalifikujących do ochrony przez poszczególne gatunki roślin
• Określenie wpływu na nietoperze chemicznych środków ochrony drewna stosowanych w Polsce

Opracowania zlecone przez Generalną Dyrekcję Ochrony Środowiska w ramach realizacji Konwencji Berneńskiej:

• Wpływ napowietrznych sieci elektroenergetycznych średniego i wysokiego napięcia, w tym również kolejowych sieci trakcyjnych, na ptaki
• Ocena wpływu zmian klimatu na różnorodność biologiczną oraz wynikające z niej wytyczne dla działań administracji ochrony przyrody do roku 2030

Dokumenty Konwencji Berneńskiej przyjęte przez strony konwencji (polskie wersje językowe):

• Ochrona ptaków przed liniami energetycznymi - praktyczny przewodnik
• Europejski plan działań na rzecz ochrony chomika europejskiego
• Europejska Karta Łowiectwa i Różnorodności Biologicznej
• Wytyczne dotyczące planów zarządzania populacjami dużych drapieżników
• Wpływ zmian klimatycznych na gatunki flory w Europie
• Wpływ zmian klimatu na gatunki bezkręgowców w Europie, z odniesieniem do gatunków narażonych określonych w Konwencji Berneńskiej