Jednym z kluczowych zagrożeń w kształtowaniu naturalnych procesów bioróżnorodności biologicznej na przestrzeni wieków jest aktywność człowieka w dziedzinie rolnictwa.

Widocznym efektem rozwijającego się rolnictwa i pasterstwa stała się zmiana krajobrazu leśnego, pierwotnie dominującego, na krajobraz bezleśny, gdzie miejsce naturalnych ekosystemów zajęły zbiorowiska roślinne półnaturalne lub sztuczne.

Wpływ jednak rolnictwa na różnorodność biologiczną jest znacznie głębszy, a jego skutkami jest:

• niszczenie siedlisk i ekosystemów,
• ograniczenie występowania gatunków leśnych,
• spadek różnorodności genetycznej,
• użyźnienie wód,
• skażenie środowiska środkami ochrony roślin,
• erozja gleby.

Równorzędnie rozwój otwartych obszarów rolniczych i ich dominacja w krajobrazie sprzyja bytowaniu wielu innym gatunkom, które w procesie adaptacji do nowych warunków przystosowały się do zmienionych uwarunkowań siedliskowych.

Współcześnie obserwowane procesy powodowane ciągłym wzrostem wydajności produkcji rolnej, jak również zmieniających się warunków wodnych o charakterze globalnym, w tym występowanie suszy, czy też zaniechanie tradycyjnych sposobów użytkowania łąk i pastwisk, skutkują zanikiem tzw. nieużytków, a w szczególności siedlisk podmokłych łąk i ziołorośli, starorzeczy, zbiorników śródpolnych jak również miedz, zadrzewień i zakrzewień, które pełniły istotną funkcję dla zachowania różnorodności biologicznej, tworząc często tzw. wyspy biocenotyczne.

Nieoczekiwanie to dbałość o środowisko naturalne jest ważnym o ponadlokalnym znaczeniu elementem pracy rolnika. Dobry stan środowiska zapewni wysokie plony o dobrej jakości.

To różnorodność biologiczna dzikich gatunków, odmian roślin i zwierząt żyjących na terenach rolniczych ma kluczowe znaczenie dla produkcji wielu roślin uprawnych, wielkości plonów i wydajności rolniczych ekosystemów. Od tego, czy na terenach uprawnych występują, np.  owady zapylające (między innymi pszczoły, trzmiele czy motyle), zależy jakość i wielkość upraw.

Dostrzegając istotną rolę rolnictwa w kształtowaniu krajobrazu oraz różnorodności biologicznej, wyjątkowego znaczenia nabierają zasady zrównoważonego rolnictwa, którego idea znalazła swoje umocowanie w dokumentach planistycznych i ustawach współczesnego, nowoczesnego państwa.

Ponadto realizowane programy pomocowe dla rolników w ramach Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich pozwolą zapewnić trwałość tradycyjnie użytkowanych łąk i pastwisk, przyczyniając się do zachowania zanikających, cennych siedlisk przyrodniczych jak również gatunków.